魔法——這不是傳說或童話的產物，而是發展至今將近一個世紀的現實技術。
今年春天，持有施展魔法能力的「魔法師」培育機構「魔法科高中」，某位少女將入學就讀。
容貌秀麗、完美無缺的優等生——她的名字叫「司波深雪」。
深雪夢想著和一同入學的哥哥——達也過著親密的高中生活，但擋在她面前的是一科生與二科生——優等生與劣等生的高牆……!?
由愛慕哥哥之心更勝親情的妹妹——深雪的視角所鮮活描繪的，另一個「魔法科高中」在此上演。
改編自 森夕 繪製的漫畫，是衍生自 佐島勤 筆下輕小說《魔法科高中的劣等生》番外作品。故事改以「司波深雪」為主角，描繪另一個魔法科高中的故事。由《在地下城尋求邂逅是否搞錯了什麼》第二季起負責執導的 橘秀樹 擔任監督，《WIXOSS DIVA(A)LIVE》編劇 玉井☆豪 為系列構成。

深雪的同班同學-北山雫，前往USNA（北美利堅大陸合眾國）留學了。在這個時代，為了避免遺傳基因（即軍事資源）外流，政府限制（禁止）高階魔法師出國。雫能夠一反禁令獲准的原因，在於「交換留學」制度。安潔莉娜庫都希爾茲這名金髮碧眼的留學生，取代遠赴美國深造的雫，前來就讀魔法科高中。達也看見她的瞬間，就察覺到她的「真面目」。莉娜的真實身分，是匹敵大規模破壞兵器的戰略級魔法師「十三使徒」之一，USNA魔法師部隊「STARS」總隊長-安吉希利鄔斯少校。美軍最強的魔法師來到魔法科高中。達也將如何排除這個「火種」……。