在武士支配日本的時代，原新選組幹部成員因某人的暗殺而遭到全滅，而新選組唯一的倖存者八番組組長藤堂平助為了守護京都的治安，決定執行高機密的「替身作戰」，選中7名罪人作為新選組幹部的替身…

故事描述被稱為「不死身的杉元」、在日俄戰爭中有如鬼神般的殺敵，被世人如此熟知的-杉元佐一，為了得到大量的黃金，來到了昔日淘金熱潮盛行的北海道。於某次機遇下，他得知了隱藏著愛奴人龐大財寶的線索！？在充滿威嚴的大自然中，和許多兇惡的死刑犯、以及愛奴少女相遇，尋找黃金的生存競爭正式開幕。而為了與-阿席莉帕相會，「不死之身的杉元」再度踏上了旅程，《黃金神威》第三季「樺太編」就此展開。

有著一群擁有特殊能力的人們，他們能夠潛別人的腦內進行記憶操控等行為，並被稱呼為「pet」，故事圍繞著這群少年們所展開。