《KJ FILE》的故事舞台是在突然間出現各種怪獸的世界，負責監視與分析怪獸的組織「國連怪獸監視團」的成員們，探索著人類要如何在這充斥著擁有強大力量的怪獸世界中生存。作品與《闇芝居》類似，將以紙芝居（連環畫劇）動畫的形式來呈現，許多原創的怪獸將會陸續登場，同時，每個出場的怪獸都會有屬於自己的主題曲。