網路對於如今人們的生活而言已經是不可或缺的一部分，網路開創了人和世界的未來，在不斷加速的進化中，如今即將連接更多未知領域。但是，人類所不知道的是，在網路的另一面有著一個無限的世界——數碼世界，同時連接人類世界的網路中，棲息著名為數碼獸的生命體。
在數碼世界，遙遠的古代，代表光明（神聖）和黑暗（邪惡）的數碼獸勢力曾經發生一場大規模的戰爭，截然對峙的平衡開始崩壞，神聖數碼獸集結古代數碼獸戰士共同將黑暗勢力擊退，但付出了巨大的代價，神聖數碼獸和古代數碼獸戰士幾乎全軍覆沒。如今新的黑暗勢力再次侵襲數碼世界以及通過網路相連的現實世界。
在現實世界，2020年的夏天，以日本首都圈為中心的網路持續失控中，一切都託付給了被選召的孩子們去解救神聖數碼獸並喚醒古代數碼獸戰士的靈魂，引導其不斷進化最終臻於完美，超越進化之真理的進化之力，並在其之上繼續征服無限領域。
被選召的孩子們和搭檔數碼獸攜手，是阻止兩個世界步向毀滅的最後希望！