於孤兒院生活的莉可，其願望是成為白笛，前往母親十年前前往的的深淵底層。某天莉可發現一個疑似來自深淵深處的機器人，將他取名為雷古，並發現不知因何原因而沒有記憶。為了收留雷古，莉可與好友替雷古編造孤兒身世，使他加入孤兒院。不久後，之前下潛的黑笛探窟家哈勃返回，並帶回殲滅卿萊莎的白笛與書信。在書信中莉可看到疑似關於雷古的介紹與一句留言「在奈落之底等待」，同時由於雷古想了解自己的來歷，雷古和莉可在朋友的協助下潛入了深淵。

主角冰室和雪村是熱衷於研究的理科生，凡事講求證據、利基於理論，就連落入情網後也依舊保持理科生本性。為了證明出彼此「喜歡」的情感，用盡各種意想不到的方式結合理科與戀愛，試圖找出確切證明。實驗過程好笑又有趣，一改理科艱澀難懂的刻板印象。

時間是西元2040年。罹患罕見疾病的青年．怜人在與青梅竹馬繪理沙相約再會之後接受了冷凍睡眠治療。過了５年後──怜人醒來之後等待他的卻是全世界99.9％的男性皆感染病毒而死，現存50億人口大多為女性的世界…！

長得漂亮、成績又優秀的堀京子在學校裡就像是班級中心的存在，不過其實是放學後就直接回家，代替工作忙碌的父母做家事及照顧年幼弟弟的勤勉高中生。一天，受了傷的弟弟創太被陌生的男子送回家，「堀同學」被這樣叫了後一聊之下才發現對方竟然是班上的―― 班級第一受歡迎的女生與性格陰暗的男生相遇後…！？戀愛、友情，充滿青春、酸甜又帶點揪心的超微碳酸系校園生活登場！