於孤兒院生活的莉可，其願望是成為白笛，前往母親十年前前往的的深淵底層。某天莉可發現一個疑似來自深淵深處的機器人，將他取名為雷古，並發現不知因何原因而沒有記憶。為了收留雷古，莉可與好友替雷古編造孤兒身世，使他加入孤兒院。不久後，之前下潛的黑笛探窟家哈勃返回，並帶回殲滅卿萊莎的白笛與書信。在書信中莉可看到疑似關於雷古的介紹與一句留言「在奈落之底等待」，同時由於雷古想了解自己的來歷，雷古和莉可在朋友的協助下潛入了深淵。

一位叫做第二十五夜的男孩，生命中有大半的時間都被困在那又廣大又神秘的塔底下，唯一陪伴在他身邊的只有他的朋友—-蕾哈爾。然而有一天蕾哈爾卻為了追逐繁星而踏入神之塔，追隨著她的腳步，夜打了塔的大門，試著面對每一樓層的挑戰，揭開塔的秘密，展開一場屬於他的冒險……